药师殿位于大光明楼二层，其外为引门，引门面迎繁华市区，气势雄伟庄严。该殿为明清重檐歇山城台式建筑风格，采用框架结构，砖石结构、网科斗拱木结构等混合体系，蜂巢型斗拱，象征智慧、合聚、勤劳（大行）、人才济济，并以宫庭旋子彩绘，以弥补斗拱等级之不足，围绕殿堂四周为芭叶柱头。

　　药师殿下是伽蓝殿（引门），供奉着伽兰、龙神，殿中央安放着中国最大的石砚《龙之魂》。该殿是寺院侧面的进出口，将城市与寺院连接起来，以方便市民进出。